建村至明萬曆元年(1573年),屬東莞縣;明萬曆元年至清朝,屬新安縣。1914年,屬寶安縣。1949年10月,屬惠陽縣第四區;1951年11月,屬第七區;1957年12月,屬葵沙鄉;1958年11月,屬寶安縣大鵬公社;1961年7月,屬寶安縣葵涌區葵涌公社;1979年1月,屬深圳市葵涌區葵涌公社;1981年10月,屬深圳市寶安縣葵涌公社;1983年7月,屬葵涌區;1986年10月,屬葵涌鎮;1993年1月,屬深圳市龍崗區葵涌鎮;2004年,屬葵涌街道;2011年12月至今,屬深圳市大鵬新區葵涌街道土洋社區。
世居村民主要為陳姓、石姓、何姓、張姓、鄭姓,其中陳姓和石姓人口較多,其餘姓氏人口較少。該村村民的祖輩均為漁民,主要來自福建、潮汕、惠州沿海一帶,直至20世紀60年代才被當地政府安置上岸。2015年末,戶籍人口93人,其中男性52人,女性41人;80歲以上2人,最年長者84歲(男);實際在村人口約50人。非戶籍外來人口約40人。祖籍該村的香港同胞約400人。世居村民為漢族,客家民系,使用客家方言、疍家話。
傳統經營為捕魚業,根據不同季節,到不同海域打漁,一般在珠江口海域進行漁業活動。沙魚涌自明朝起就是重要的通商港口,是當時東部最大的港口;清朝時設九龍沙魚涌緝私海關於此;20世紀30年代發展達到巔峰,成為當時惠州、東莞和寶安三地最大最旺的通商口岸、商品集散地和古商道,境外和內地的商船每天在沙魚涌港口集散,來自海內外的貨物都能在此找到,而茶樓、理髮店、海關、銀行、典當行、賭場、妓院、煙館等更是一應俱全。20世紀60年代,得益於國家政策,漁民上岸生活。此外,自清末起,大鵬一帶村民開始到香港務工,至20世紀60一70年代為盛,有許多村民定居在香港。人民公社時期,該村生產隊組織集體勞作,村裡有大船可外出到更遠的海域進行捕撈。改革開放後,由於生產力的提高,有更多的農產品剩餘,商貿交易開始興旺,村中外出務工者也開始增多。2004年4月,成立村股份合作公司;2015年,公司年度收入87萬元。現村民主要收入來源為工資性收入、商業經營、村集體經濟分紅、有價證券等。
鄉道Y6356線經過該村。1965年通電,1982年通自來水,1986年通電話,1990年實現全村村道水泥硬底化,1997年通網際網路。該村南側海灘邊有東江縱隊北撤紀念公園。為了紀念東縱主力北撤山東這一重要歷史事件,當地政府於1989年在沙魚涌修建了紀念亭與紀念碑,後來這裡成為愛國主義教育基地。紀念碑上曾生將軍所題“為了堅持國內和平,從此登船北撤山東”十六個大字分外醒目。2012年在紀念公園裡設立東縱將士北撤紀念牆,上面印刻著參加北撤的2583個東縱將士的名字。
2011年,沙魚涌村被列為實施保護和利用開發的大鵬新區23個古村落之一,同時也是新區有價值村落保護利用的首批試點之一。2012年8月,深圳市首個、大鵬新區十大重點工程之一的沙魚涌古村落保護改造項目正式啟動。2014年,沙魚涌村整體改造完成,改造後的沙魚涌村實現了自然景觀與人文景觀、紅色旅遊和綠色環保旅遊的有機結合。1925年6月,省港大罷工爆發。由於沙魚涌是當時的交通要道,為執行封鎖香港島的任務,工人糾察隊第十支隊及鐵甲車隊共100餘人在此駐守。
1925年11月,守軍遭千餘名由英國主導策劃的敵人圍攻,雙方激戰近10小時。後來敵人越來越多,並占據所有高地和沙魚涌村村口,鐵甲車隊隊長周士第率領戰士突圍,殺開一條血路,經坪山、龍崗回到深圳時只剩17人。血戰沙魚涌是省港大罷工的重要事件,體現了中國共產黨的堅強戰鬥意志。
1941年12月,香港淪陷,一大批中國文化界知名人士和愛國民主人士滯留香港島,處境危險。1942年初,八路軍駐港辦事處主任廖承志接到中共中央指示,讓他一定要想盡一切辦法,將這些人解救出來。廖承志立即組織成立營救文化名人領導小組,部署指揮大營救,先後從香港營救出何香凝、柳亞子、茅盾、鄒稻奮等數百名文化名人及近百名國內外友人,分三路撒離香港,其中一路經沙魚涌登入。抗日戰爭結束後,廣東人民抗日游擊隊東江縱隊主力奉命北撤山東。1946年6月30日,在北撤部隊軍政委員會的統一指揮下,北撤人員2583人在大鵬半島的沙魚涌登上三艘美軍登入艦開赴山東煙臺。