水利部門流動資產審計是對水利工程管理部門流動資產使用的審核、稽查。其主要內容：(1) 是否將流動資產挪用於基本建設或專項工程支出，或將後者挪用於前者。(2) 是否嚴格分清用途領用材料、開支費用，有無故意將應由供水生產負擔的費用擠入事業費或專項工程支出。(3) 有無縮小成本、虛增利潤、多提獎金。(4) 有關帳務處理是否合規合理。
水利部門專項資金審計是對水利工程管理部門專用基金和事業費專款支出的審核、稽查。其主要內容：(1) 專用基金是否先提後用。(2) 是否挪用更新改造資金於自籌基建工程。(3) 包乾結餘資金是否按規定比例轉為生產發展基金、職工福利基金和獎勵基金。(4) 不列入財務包乾的各項專用撥款是否在銀行專戶存儲。(5) 有無混淆事業費專款支出與生產經營費用的界限。(6) 是否有將事業費專款結餘轉入包乾結餘等違法情況。
