《有機配體靶向端粒DNA G-四鏈體的分子模擬》是2015年7月化學工業出版社出版的圖書，作者是李錦蓮。
基本介紹
- 中文名：有機配體靶向端粒DNA G-四鏈體的分子模擬
- 作者：李錦蓮
- 出版時間：2015年7月
- 出版社：化學工業出版社
- 頁數：118 頁
- ISBN：9787122239266
- 定價：48 元
- 開本：16 開
- 裝幀：平裝
內容簡介,目錄,
內容簡介
分子模擬技術在研究藥物與靶點之間相互作用機制方面，展示了實驗不可比擬的優勢。本書以分子對接、分子動力學、量子化學計算等方法為研究手段，模擬了不同有機配體與平行型，反平行型和雜化型以及高階端粒DNA G-四鏈體形成的複合物的動力學行為，通過討論平衡狀態時複合物的結合方式、結合自由能以及中心G-四集體的電子性質等，從分子水平深入分析了端粒DNA G-四鏈體溝槽的結構特徵，以及不同的結構特徵對配體結合的影響，為針對不同端粒DNA G-四鏈體溝槽的藥物設計提供理論依據。
目錄
第1章 緒論 1
1.1 DNA G-四鏈體簡介 1
1.1.1 小分子配體靶向DNA G-四鏈體的抗腫瘤作用機制 3
1.1.2 DNA G-四鏈體末端堆積配體 3
1.1.3 DNA G-四鏈體溝槽結合配體 5
1.2 藥物配體與生物大分子的相互作用及選擇性 5
1.2.1 藥物配體與生物大分子的相互作用 5
1.2.2 藥物配體與生物大分子的選擇性 6
1.3 生物大分子計算機模擬方法 7
1.3.1 生物大分子的構建—— 同源模建方法及套用 7
1.3.2 分子對接方法及套用 10
1.3.3 分子力學和分子動力學原理與套用 14
參考文獻 21
第2章 配體與平行型DNA G-四鏈體溝槽相互作用的理論研究 32
2.1 引言 32
2.2 Dist-A二聚體與[d（TGGGGT）]4序列 G-四鏈體的動力學模擬 33
2.3 Dist-A二聚體與 [d（GGGGGG）]4序列 G-四鏈體複合物的動力學模擬 35
2.4 三層連續G-四集體鳥嘌呤鹼基的電子性質 37
2.5 基於平行型DNA G-四鏈體溝槽的藥物設計 39
參考文獻 39
第3章 Dist-A及其衍生物與反平行型DNA G-四鏈體相互
作用的分子動力學研究 41
3.1 引言 41
3.2 Dist-A及其衍生物B與反平行型端粒DNA G-四鏈體的
分子對接 42
3.3 Dist-A及其衍生物B與反平行型端粒DNA G-四鏈體的
動力學模擬 44
3.3.1 動力學模擬體系 44
3.3.2 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四鏈體
寬溝槽方向上的動力學行為 44
3.3.3 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四鏈體
中溝槽方向上的動力學行為 46
3.3.4 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四鏈體
窄溝槽方向上的動力學行為 49
3.3.5 配體在不同位點的結合對溝槽寬度的影響 51
3.3.6 MM_GBSA能量分析 53
參考文獻 54
第4章 類固醇衍生物選擇性識別端粒DNA G-四鏈體/
B-DNA的分子動力學研究 56
4.1 引言 56
4.2 類固醇衍生物與雜化型端粒DNA G-四鏈體的
分子對接 57
4.3 Steroid FG與雜化型端粒DNA G-四鏈體複合物
動力學模擬 58
4.4 Steroid FG與B-DNA複合物動力學模擬 59
4.5 MM_PBSA能量計算 61
4.6 基於雜化型端粒DNA G-四鏈體溝槽的藥物設計 63
參考文獻 63
第5章 浙貝鹼與端粒DNA G-四鏈體的分子動力學研究 65
5.1 引言 65
5.2 浙貝鹼與端粒DNA G-四鏈體的分子對接 65
5.2.1 配體的選擇 65
5.2.2 端粒DNA G-四鏈體的選擇 66
5.2.3 分子對接 66
5.3 浙貝鹼與端粒DNA G-四鏈體的分子動力學模擬 70
5.3.1 複合物動力學模擬體系及模擬時間 70
5.3.2 浙貝鹼/1NP9（1∶1）複合物的動力學模擬 71
5.3.3 浙貝鹼/1NP9（2∶1）複合物的動力學模擬 72
5.3.4 浙貝鹼/1KF1複合物的動力學模擬 74
5.3.5 浙貝鹼/143D複合物的動力學模擬 76
5.3.6 G-四鏈體的溝槽結構對浙貝鹼結合的影響 77
5.3.7 G-四鏈體TTA環結構對浙貝鹼結合的影響 79
5.3.8 浙貝鹼與端粒酶G-四鏈體的自由能 80
第6章 螺旋烴M與高階端粒DNA G-四鏈體的分子動力學
模擬研究 82
6.1 引言 82
6.2 螺旋烴M與不同高階端粒DNA G-四鏈體的分子對接 84
6.2.1 螺旋烴M分子結構 84
6.2.2 分子對接結果 84
6.3 高階端粒DNA G-四鏈體的分子動力學模擬 85
6.3.1 二階端粒DNA G-四鏈體及其複合物的動力學模擬 85
6.3.2 三階端粒DNA G-四鏈體及其複合物的動力學模擬 90
6.4 高階端粒DNA G-四鏈體的PCA分析 93
6.5 高階端粒DNA G-四鏈體的均方根漲落值分析 94
6.6 螺旋烴M對二重複單元端粒DNA G-四鏈體結構的影響 96
6.7 螺旋烴M對三重複端粒DNA G-四鏈體結構的影響 97
參考文獻 99
第7章 RNA適配子與NF-（B） P50相互作用的分子動力學
模擬研究 101
7.1 引言 101
7.2 29-nt RNA/P50複合物的分子動力學模擬 102
7.2.1 29-nt RNA/P50複合物分子動力學模擬的軌跡穩定性 102
7.2.2 複合物結構的波動性 102
7.2.3 RNA和P50的靜電勢 104
7.2.4 29-nt RNA與P50相互作用位點 104
7.2.5 P50單體分子動力學模擬的軌跡穩定性 106
7.2.6 P50單體結構的波動性 106
7.2.7 29-nt RNA/P50複合物體系自由能 107
7.3 自由29-nt RNA的構象動力學模擬 108
7.3.1 自由29-nt RNA分子動力學模擬的軌跡穩定性 108
7.3.2 自由29-nt RNA結構的波動性 108
7.3.3 自由29-nt RNA分子動力學模擬構象 109
7.3.4 自由29-nt RNA螺旋參數 110
7.4 突變RNA的構象動力學模擬 113
7.4.1 突變RNA分子動力學模擬軌跡的穩定性 113
7.4.2 突變RNA結構的波動性 113
7.4.3 突變RNA螺旋參數 114
7.4.4 自由29-nt RNA和突變RNA的自由能 116
參考文獻 117
