天主教
1549年,天主教耶穌會創始人之一、西班牙傳教士沙勿略將天主教傳入日本。其時日本正處於藩侯割據、戰事不息的戰國時代,執掌軍政大權的
織田信長對抗佛教,對天主教的傳播予以支持,天主教在西部沿海地區迅猛發展,教徒增至20萬(1587年)。
豐臣秀吉掌權後,對基督教實行禁止政策。
江戶時期,
德川幕府採取鎖國政策,基督教遭到鎮壓,許多教徒慘遭殺害,倖存者被迫轉入地下,其發展至1639年以後因日本禁教而結束。19世紀中葉,在歐美炮艦政策的威脅下,
幕府的鎖國閉關政策被迫取消,基督教各派積極傳教,天主教恢復並積極發展,但未得到政府承認,直到
明治維新後逐漸取得合法地位。1891年,
梵蒂岡在東京設立大主教區。現設2個大主教、16個主教區,有教堂977座,並設有天主教中央協定會作為天主教主教團的聯絡機構。絕大多數集中分布在東京、大阪等大城市以及南部九州等地。20世紀70年代以來,由於天主教徒大量移民至巴西等拉美國家和出生率下降等原因,天主教發展緩慢。
東正教
日本正教會(Japanese Orthodox Church)自治正教會之一。由俄羅斯正教會修士大司祭尼古拉(Nikolai,1836—1912)創立。1860年起,尼古拉在日本傳教;1870年,任東京俄羅斯傳教使團團長;1880年起,任主教;1905年,升為日本大主教。此時出現首批日籍正教神職人員。1945年前,日本正教會為俄羅斯正教會主教區所轄,後與莫斯科
牧首公署中斷關係,直至1969年恢復。1970年,獲自治地位。其首腦由莫斯科牧首任命,稱都主教。總部設於東京。轄主教區4個,堂區約100個。在東京辦有神學院1所。出版刊物《正教信使》。為世界基督教協進會成員。
新教
1859年,由
美國聖公會傳入日本,發展迅速。此後長老會、公理會、衛公理會、福音同盟會、浸禮會、聖潔教會等新教相繼傳入,至1939年,日本新教教徒達24萬人。1940年
日本軍國主義政府發布宗教團體法,強制各教團合併統一,新教各教派聯合組成日本基督教團。1889—1945年期間,日本以
神道教為國教,基督教的發展受到限制。
二戰期間,美國
麥克阿瑟將軍曾派遣1000名傳教士到日本,信徒人數逐年增多。1946年,日本新頒布的憲法保證信仰自由。此後,基督教各教派,尤其是新教各派得以迅速發展。1968年,為協調各教派,日本成立教會發展研究會。1969年,成立日本普世教會,其宗旨是促進各種信仰間的對話。新教各派的全國性聯絡機構是日本基督教協進會,為世界基督教協進會較活躍的成員。聖誕節是日本全國性節日。日本天主教、東正教、新教的新舊教會從事傳教活動,大力興辦文化、教育、醫療等社會福利事業,開展宗教交流和宗教理論研究等活動。