1934至1936年，方誌彤在廣西省立醫學院任教（Professor at the Provincial Medical College of Kwangsi）。期間，方誌彤與第一任妻子 Irene Pan 結婚。
1937至1947年，他在北平輔仁大學參加《華裔學志》的編輯工作，初任編輯部秘書兼助理（Editorial Secretary of Monumenta Serica），後與當時也在北平（北京）的一批中外著名學者如陳垣、張星烺、沈兼士、英千里和田清波（Antoine Mostaert，1881-1971，蒙古學大家）、艾鍔鋒（Gustav Ecke，1896-1971）、衛德明（Hellmut Wilhelm，1905-1990）、羅樾、戴何都等同任編委，達十餘年之久。方誌彤在這份當時最重要的漢學期刊中起到非常關鍵的作用。
這十年中間，他還有不少兼職，主要是1939至1945年之間，在中德學會擔任教師（Instructor [Lektor] at Deutschland-Institut in Peiping），同時兼任《中德學志》的編輯。1944至1947年期間，他在輔仁大學和北平的國立藝術專科學校都曾授課，還在清華大學擔任兼職教員（part-time lecturer）。在此期間，他曾譯註過一本德語教材，題為《德語津梁》，1941年在北平出版，北大圖書館有藏。
方誌彤脫離編纂工作後，在哈佛遠東語言系任教（Lecturer），同時攻讀比較文學的博士學位。他在哈佛長期講授古代漢語、中國文學理論和文藝批評等。1958年，方誌彤獲得哈佛大學博士學位，博士論文題為《龐德<詩章> 之材料研究》（Materials for the Study of Pound’s Cantos）。
1975年，方誌彤成為“資深講師”（Senior Lecture），並於1977年正式退休。
1995年，方誌彤因癌症去世。
個人作品
《龐德<詩章> 之材料研究》
《龐德<詩章> 之材料研究》（Materials for the Study of Pound’s Cantos）是方誌彤讀哈佛大學比較文學學位時的博士論文。該論文共865頁，主要研究其朋友龐德的詩中典故來源，龐德詩中多種語言交雜用典縱橫交錯，方誌彤居然一一道破，且還發現其中不少引典錯誤，為了免於讓龐德的名譽受損，他這本博士論文一直壓著未出版。
這部未發表的博士論文被認為是研究龐德《詩章》的重要參考資料。迄今最為全面的《詩章》注釋本《艾茲拉·龐德詩章指南》（A Companion to the Cantos of Ezra Pound）的編者卡羅爾·F.特里爾（Carroll F.Terrell）在該書的前言特地提到方誌彤未發表的博士論文對找到許多索引有極為重要的價值（The unpublished doctoraldissertation ofAchilles Fang，“Materials for the Study of Pound’s Cantos”（Harvard University，1958）has been extremelyvaluable in locating numerous sources.）。
《資治通鑑》卷69-78英譯和注釋（The Chronicle of the Three Kingdoms, 220-265: Chapters 69-78 from the Tzu Chih T'ung Chien），哈佛燕京學社，1952年版。
人物爭議
有關方氏的國籍和家世有不同說法。據美國漢學家海陶瑋（James Robert Hightower）所寫方氏訃告，方出生於朝鮮，籍貫是中國。徐文堪在《不該被遺忘的方誌彤先生》一文中稱方氏為“朝鮮族人，生於日本統治下的朝鮮”，還稱其為“百科全書式學人”。但方氏在1948年申請永久居留美國的書面陳述中自稱1910年8月20日生於山西安邑，童年在日本統治下的朝鮮度過。
而林希文回憶方誌彤的文章中，則又說到方誌彤曾告訴他自己因在中國的時候做韓國人不安全，於是裝為中國人。漢學家赫芙在口述史中的記載，也說：“他犯了個大錯兒——他本是個聰明人，早該知道的——他把自己說成是中國人（passing himself off as a Chinese）。他其實是朝鮮人。這可以理解，他很可能是害怕日本人。”
方誌彤1995年因癌症去世，為了紀念他，哈佛大學特於1997年設立方誌彤紀念獎，每年獎勵一名東亞人文領域的研究生，用於在哈佛出版專著。但十年間無人獲獎，直至2008年，中國台灣史語所的陳雯怡女士以博士論文《Network, Communities, and Identities: On the Discursive Practices of Yuan Literati》，得到評審委員會一致肯定而獲獎。
