感染性疾病診治協同創新中心成立於2012年5月，為回響教育部“2011計畫”實施方案的精神，以“國家急需、國際一流”為目標，由浙江大學牽頭，聯合香港大學、清華大學、中國疾病預防控制中心三個協同單位構建，中心總部設立在浙江大學。
2014年10月，中心通過教育部、財政部認定，成為2014年度國家級“2011協同創新中心”。
本中心充分發揮我國感染性疾病領域相關高校的主體引領作用，協同國家和部屬感染性疾病及相關學科重點實驗室、重點學科，並積極聯合國際感染性疾病領域的優勢單位、生物醫藥研發企業等多方參與，緊密圍繞我國急需解決的感染性疾病早期診斷、有效救治和防控的重大問題，產出一批重大的標誌性成果，使我國感染性疾病診治水平達到世界一流。中心以人才、學科、科研三位為一體的創新能力提升為核心任務，以國家重大項目為牽引，藉助機制體制創新，改革人才培養模式，培養感染性疾病診治交叉學科人才，旨在建設成為感染性疾病診治領域“產學研用”聯盟和具有重大國際影響的感染性疾病診治學術高地、創新中心和高水平研發基地。
協同創新工作：中心的聯合單位具有悠久的協同歷史，成功開展了感染性疾病發病機制的系列前沿基礎研究。協同在全國性重大傳染疾病，包括SARS、H1N1、H7N9等疫情的診斷、救治及防控中發揮了領跑者的作用，同時面向科學前沿，開展了廣泛的國際合作和交流。
中心已進入平穩運行階段，建立了高效的學科建設、人才管理、科研協作的新型管理機制：以感染性疾病大數據、雲平台為支撐，搭建了預警與防控、病原學研究、診斷學研究、發病機制研究和治療研究五大創新協同平台；提出了導師組聯合培養制度，交叉授課，學分互認，逐步建立與國際接軌的人才準入機制；實行管理委員會領導下的中心主任負責制，建立了統一的學術、行政決策與運行體系，學術委員會和行政管理機構分別實施相關的學術和行政管理工作。
