盧西恩·索菲·阿爾伯特·瑪麗·馮·羅默(Lucien Sophie Albert Marie von Römer)於1909年10月7日首次發現了巴布亞豬籠草。他從北河(Noordrivier)的北面海拔750m以下的地區收集了兩個標本。1913年1月5日,塞西爾·博登·克洛斯(Cecil Boden Kloss)在沃拉斯頓遠征(Wollaston Expedition)中又收集了它的另一個標本。1926年9月威廉·馬里厄斯· 多克特斯·馮·萊文(Willem Marius Docters van Leeuwen)在海拔250~300m的地區再次收集了第四個標本。生長於海拔1300m的巴布亞豬籠草的下位籠巴布亞豬籠草的模式標本插圖
1916年,亨利·尼古拉·雷德利(Henry Nicholas Ridley)首次對巴布亞豬籠草的標本進行了描述。但雷德利認為這只是紐幾內亞豬籠草(N. neoguineensis)的一種自然雜交種,而不會是一種新的物種。
B·H·丹瑟(B. H. Danser)在他1928年出版的開創性著作《荷蘭屬印度的豬籠草屬植物(The Nepenthaceae of the Netherlands Indies)》中正式的描述了巴布亞豬籠草。這個描述是基於三個標本,編號分別是Docters van Leeuwen 10282、Docters van Leeuwen 10340和Docters van Leeuwen 10341。後兩份標本為一雌一雄的帶花植株。