差異性甲基化區域(Differentially Methylated Region,DMR)被認為在基因印記調節中起重要作用,DMR即卵子和精子中對同一基因位點不同程度的甲基化區域,而這些DMR決定其控制基因是否表達。
根據目前研究,DMR 調控基因印記的可能機制有三種:1)位於啟動子區域的DMR 高度甲基化直接導致該等位基因沉默;2)通過甲基化特異性轉錄因子CTCF 與非甲基化的DMR 結合形成絕緣體,使啟動子不能與上游增強子結合而抑制該等位基因轉錄;3)DMR甲基化抑制非編碼RNA(noncodingRNA,ncRNA)的表達,而位於另一條非甲基化的等位基因上的ncRNA表達,表達的ncRNA引起該等位基因沉默。