巡撫衙門，是一個機構名稱，各省巡撫之辦事機構。
機構名。各省巡撫之辦事機構。清代各省巡撫衙門的情況，大體與總督衙門相類似，衙門內不置額定的朝廷命官而專用吏員，但有時也調用候補佐雜官員及武弁以臨時任使， 然非定製。巡撫衙門之內部組織機構亦無定製，但其辦事吏員也存在著專業分工。清末官制改革後，於光緒三十三年（1907）奏訂各省官制通則，規定各省總督及巡撫衙門各設幕職佐理文牘，分科治事。其幕職員數、職掌為：設秘書員一人，承巡撫之命，掌理機密折電函牘，凡不屬各科之事，皆隸之；設交涉科、吏科、民科、度支科、禮科、學科、軍政科、法科、農工商科、郵傳科，各科設參事員一人，承巡撫之命，就主管事務掌理各項文牘；秘書員、參事員不作為官缺，統由巡撫自行徵辟，毋庸拘定官階大小，每年將各員銜名及到差年月，分別奏咨存案；秘書員、參事員以下，應酌設助理及繕寫等人員，均由巡撫酌定，毋庸奏咨。參見“總督衙門”。
