運作原則
寶可夢聯盟大會的運作原則在各地區大致相同:訓練家必須在挑戰當地道館之前,先在寶可夢中心或是向當地的寶可夢博士進行註冊,此時寶可夢中心或寶可夢博士通常會給予訓練家徽章收集盒,當訓練家在寶可夢聯盟大會舉辦之前,收集完當地8枚以上的徽章,就可以向大會進行註冊,以取得參賽資格。在動畫首作中,從寶可夢研究學校畢業或寶可夢聯盟檢定合格即可直接取得參與寶可夢聯盟大會的資格,無需收集徽章。
舉辦形式
寶可夢聯盟大會的舉辦參考了現實世界的奧林匹克運動會,有開幕及閉幕典禮。截至檜垣大會,更有傳遞火焰鳥或鳳王的聖火的習俗,聖火會在開幕典禮點燃,持續燃燒至大會結束,並設有聯盟大會會長的職位,如:達馬嵐其會長。
當聖火點燃前,部分地方的聯盟大會會舉行選考會,淘汰過多的選手,之後才取行開幕典禮,其他聯盟則是從開幕之後才有比賽,從一開始的預賽到最後的決賽,各個地區所限制的使用的寶可夢的數量不盡相同,通常是單淘汰制,而最後幾場比賽一定會是6對6的全面對戰(瑪納羅大會除外),通常在舉行全面對戰前的時候,會給予選手較長的休息時間,在同時有多個會場的聯盟大會,中央的會場通常只留給全面對戰的場合使用。而從密阿雷大會開始,使用統一的對戰場地。
場地規則
大部分聯盟會對於對戰場地進行不同地形的切換,如:冰凍、岩石、森林、草原或水域等地形,只有合眾地區檜垣大會和阿羅拉地區瑪納羅大會的對戰區全部都是使用最單純的戰鬥場地,而沒有特殊地形的設計。在6對6全面對戰的時候,當其中一方的3隻寶可夢失去戰鬥能力時,具有場地設計的大會,通常會進行場地更換,此時同時會是訓練家與寶可夢暫時休息的時間。
動畫中的設定與遊戲中不同,只有取得當地聯盟大會的冠軍,才有資格參加冠軍聯盟挑戰該地區四天王與冠軍。