宗教事務管理的原則，就是保護合法、制止非法、遏制極端、抵禦滲透、打擊犯罪。
2014年5月，習近平總書記在第二次中央新疆工作座談會上講話指出，處理宗教問題的基本原則，就是“保護合法、制止非法、遏制極端、抵禦滲透、打擊犯罪”。2017年修訂的《宗教事務條例》第三條規定：“宗教事務管理堅持保護合法、制止非法、遏制極端、抵禦滲透、打擊犯罪的原則。”
這一原則是對憲法關於宗教信仰自由原則的具體化，既體現了對宗教信仰自由的保護，也體現了對宗教事務的依法管理，是宗教工作必須貫穿始終的基本原則。
關於“保護合法”。宗教信仰自由是我們黨處理宗教問題的一項基本政策，是憲法賦予公民的一項基本權利。全面貫徹宗教信仰自由政策一直是宗教工作的重要著眼點，既要保護信教民眾的合法權益，也要保護不信教民眾的合法權益。“保護合法”就要依法保護宗教團體和宗教活動場所的合法權益，保護宗教教職人員正常的教務活動，保護信教民眾正常的宗教活動。“保護合法”的另一個重要方面是保護公民不信仰宗教的權利。保護公民不信仰宗教的權利，與保護公民信仰宗教的權利，是同一問題的兩個不可缺少的方面。
關於“制止非法”。“制止非法”是“保護合法”的一體兩面，目的也是為了“保護合法”。只有非法宗教活動得到有效制止，才能實現宗教活動規範有序，這是宗教健康發展的前提，也符合信教民眾和不信教民眾的共同利益。非法宗教活動不僅影響正常的宗教秩序，也會對社會公共利益產生危害，需要政府加強監督管理，及時制止、糾正。同時，政府要指導宗教界加強規範化管理，自覺在法律法規範圍內開展活動。
關於“遏制極端”。當今世界，宗教極端思想和暴力恐怖活動已經成為社會毒瘤，我國也深受其害，以“東突”勢力為首的“三股勢力”等嚴重影響著我國的國家安全和社會穩定。《中華人民共和國反恐法》明確規定，國家反對一切形式的以歪曲宗教教義或者其他方法煽動仇恨、煽動歧視、鼓吹暴力等極端主義，消除恐怖主義的思想基礎。宗教極端思想是暴力恐怖分子進行“聖戰”洗腦、抱團成伙、實施暴力恐怖活動的重要思想基礎，必須遏制其蔓延。但宗教極端思想不是宗教思想，而是對宗教教義極端的、歪曲的解釋，完全背離了宗教本身。遏制宗教極端思想，應當將其從一般宗教問題上剝離出來，把民族問題、政治問題同宗教問題區別開來。
關於“抵禦滲透”。利用宗教進行滲透，是指境外敵對勢力利用宗教對我國進行西化、分化，從事違反我國憲法法律和政策的活動，企圖與我爭奪民眾，爭奪思想陣地。境外利用宗教對我國進行滲透，不是宗教問題，而是政治問題。當前，境外利用宗教進行滲透活動日益加劇。宗教工作要始終堅持我國宗教團體和宗教事務不受外國勢力支配這一憲法原則，堅決抵禦境外勢力利用宗教進行滲透。
關於“打擊犯罪”。我國的宗教問題一般屬於人民內部矛盾，但也有敵對勢力和不法分子打著宗教旗號進行的違法犯罪活動，屬於敵我之間的較量。這些活動破壞國家統一、民族團結，侵害公民的權利，嚴重危害社會，必須依法給予打擊。打著宗教旗號進行的違法犯罪活動，以達賴集團和“三股勢力”最為突出。如果對這些問題處理不當，最終將危及國家安全和政權穩固。同利用宗教進行分裂破壞和恐怖活動等違法犯罪行為作鬥爭，是宗教工作的一項艱巨任務。“保護合法、制止非法、遏制極端、抵禦滲透、打擊犯罪”的基本原則，是運用馬克思主義宗教觀觀察、分析我國宗教問題得出的正確結論，是對中國特色社會主義宗教理論的豐富和發展。這一基本原則符合我國宗教基本國情，也符合有關國際條約的精神，達到了“保護”與“管理”的平衡與協調，是一個有機整體，對於正確處理宗教領域的矛盾和問題、在法治軌道上推進宗教工作有重要指導意義。
