醫學技術系設有醫學檢驗技術、醫用電子儀器與維護、眼視光技術、醫療電子工程等四個專業。醫學檢驗技術、醫用電子儀器與維護專業為省級特色專業，眼視光技術專業為校級重點專業，醫療電子工程為新開設專業，2012年度首次招生。2011年，醫學檢驗技術和醫用電子儀器與維護專業雙雙獲得中央財政支持的“提升專業服務產業能力”項目。
醫學技術系師資力量雄厚、教科研能力強。現教師隊伍有32人，其中有教授1人，副教授12人，講師14人，碩士研究生20人；省級專業帶頭人2人，校級專業帶頭人2人；省級教壇新秀1人，校級教壇新秀3人；校級教學名師1人，校級骨幹教師2人，雙師素質教師18人；並有一支由行業專家組成的較為穩定的外聘教師隊伍。目前系部承擔省級精品課程1門，校級精品課程5門，省級科研課題2項、校級科研課題3項，校級教研課題5項，獲得省級教學成果一等獎1項、校級教學成果二等獎5項，省級示範實驗實訓中心1個、校級創新實驗區1個，同時肩負安徽省醫療器械行業協會、眼視光技術職業資格技能鑑定等社會工作。 醫學技術系重視校內外實習實訓基地的建設。校內擁有包括醫學檢驗仿真實訓室、醫療器械生產及維修仿真實訓室、眼視光仿真實訓室在內的3個實訓中心，共有實訓室30間，各類大型設備近千萬元，可完成專業實訓項目共423個，2012年，醫療器械類實訓中心被立項為省級示範實訓中心。校外實習基地分布合理，廣泛分布於全國各地二甲以上醫院和大中型企業單位，分布區域包括北京、上海、南京、天津、深圳、廣西和安徽省各地市，醫用電子儀器與維護專業和眼視光技術專業基本實現頂崗實習與就業零距離。 醫學技術系始終堅持“以服務為宗旨，以就業為導向，校企合作、工學結合”的人才培養模式，注重專業技能訓練和綜合素質的培養，畢業生以基礎知識紮實、實踐操作能力強、綜合素質高、持“雙證書”就業而得到用人單位的一致好評。近三年就業率達到100%。
