孑遺旗艦種一般為某一特定物種,並常常只分布於某些特殊的生態系統中(如熱帶雨林等),並成為這些特殊生態系統存在的標誌。全球意義上的孑遺旗艦種,如大熊貓、阿拉伯羚羊等物種作為珍貴的自然遺產實際上已具有了超越於一般生態學範疇的特殊意義。孑遺旗艦種通常體型較大,如老虎,山貘,大象。但某些小型靈長類動物在巴西也被成功地用作環保教育的典型素材。
孑遺旗艦種的選擇一般是基於它們正在不斷減小的種群規模和瀕危的狀況。如果孑遺旗艦種是一個國家的特有種,那么它就會給公眾以深刻的印象;否則,作為旗艦種的效果將大打折扣。一些孑遺旗艦種(如大型貓科類動物)被作為資源開發利用後,其生境遭受了嚴重破壞,也可能成為對棲息環境破壞敏感的指示種。