多維液相色譜是一種新型分離技術，不存在相對分子質量和等電點的限制，通過不同模式的組合，消除了二維凝膠電泳的歧視效應，具有峰容量高、便於自動化等特點。二維離子交換-反相色譜(2D-IEC-RPLC)是蛋白質組學研究中最常用的多維液相色譜分離系統。
儘管二維凝膠電泳(2-DE)是常用的對全蛋白組的分析方法，但其存在分離能力有限、存在歧視效應、操作程式複雜等缺陷。對於分析動態範圍大、低豐度以及疏水性蛋白質的研究往往很難得到滿意的結果。Chong等使用HPLC/質譜比較分析惡性腫瘤前和癌症兩種蛋白質差異表達。利用HPLC分離蛋白質，並用MALDI-TOF-MS鑑定收集的組分，從而在兩種細胞中的差異表達中對蛋白質進行定量分析。
