《基於第二代測序技術的松果體轉錄組的晝夜節律研究》是依託吉林大學，由付聰擔任項目負責人的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名：基於第二代測序技術的松果體轉錄組的晝夜節律研究
- 項目類別：青年科學基金項目
- 項目負責人：付聰
- 依託單位：吉林大學
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
哺乳動物松果體遵循24小時的晝夜節律，分泌褪黑激素，在哺乳動物性成熟、冬眠、新陳代謝以及季節性繁殖等方面都扮演著重要的角色。截至目前對於松果體轉錄組的研究表明，大量松果體細胞內的基因存在著顯著的晝夜差異性表達，而且這些差異性表達基因除了參與褪黑激素的合成分泌，還參與許多其它的生物過程。 . 本項目計畫通過採用第二代測序技術（RNA-Seq），對大鼠松果體表達數據進行進一步的擴展，在之前僅針對成年大鼠晝夜兩點取樣的基礎上，增加取樣的發育階段（胚胎到成鼠）和時間點（24小時周期內取6個點），進而分析松果體特異的基因表達調控模式。此外，針對大鼠基因組注釋相對不完全的問題，基於RNA-Seq測序數據，我們將在lncRNA、轉錄物亞型（isoform）、3'UTR等方面對此進行補充和擴展。
結題摘要
哺乳動物松果體遵循24小時的晝夜節律，分泌褪黑激素，在哺乳動物性成熟、冬眠、新陳代謝以及季節性繁殖等方面都扮演著重要的角色。科學家對於松果體轉錄組的研究自1987年起就沒有停止過。 去年三位從事生物鐘晝夜節律相關研究的科學家 （Jeffrey Hall、Michael Rosbash 和Michael Young）獲得諾貝爾生理醫學獎足以證明該領域對於人類健康的重要意義。從Northern Plot到Microarray，對於松果體轉錄組的研究表明，大量松果體細胞內的基因存在著顯著的晝夜差異性表達，而且這些差異性表達基因除了參與褪黑激素的合成分泌，還參與許多其它的生物過程。 本項目結合最新的測序技術和生物信息學方法，旨在探尋更多有意義的生命信息，我們的主要研究內容分為以下三部分： 1． 通過採用第二代測序技術（RNA-Seq），對大鼠松果體表達數據進行進一步的擴展，在之前僅針對成年大鼠晝夜兩點取樣的基礎上，增加取樣的發育階段（胚胎到成鼠）和時間點（24小時周期內取6個點），進而分析松果體特異的基因表達調控模式。 2． 此外，基於RNA-Seq測序數據，我們對大鼠基因組進行了重新拼接，探測選擇性剪下位點，並且獲得大量3'UTR擴展。在這些新擴展3’UTR上，我們計算預測得到上千個進化保守的microRNA綁定位點，進而擴展了哺乳動物轉錄後調控網路，特別是其在晝夜節律調節相關的特異影響。 3． 此外，我們聯合NIH、復旦大學、康奈爾大學的一些相關領域的同行，整合了6個物種（人類、大鼠、小鼠、斑馬魚、雞以及恆河猴）晝夜節律相關的多物種轉錄組數據，構建了一個The SNE Transcriptome Profiling資料庫，並以此資料庫為基礎，構建了一個集數據檢索、可視化、數據集下載為一體的服務型網站，旨在為相關領域的生物學家提供一個簡單明了的數據查詢平台，目前網站在合作範圍內半公測中。
