《基於生物網路的共享肽歸屬及蛋白質定性算法研究》是依託湖南師範大學，由鐘堅成擔任項目負責人的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名：基於生物網路的共享肽歸屬及蛋白質定性算法研究
- 項目類別：青年科學基金項目
- 項目負責人：鐘堅成
- 依託單位：湖南師範大學
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
蛋白質定性是蛋白質組學中非常重要的步驟。目前，採用鳥槍法蛋白質組學的步驟是先將標識生物樣本中的蛋白質酶解為肽段混合物，肽段混合物通過色譜分離和離子化後，經高通量串聯質譜儀產生質譜數據用於肽段鑑定，再從鑑定的肽段推導可能存在的蛋白質。但是由於蛋白質在酶解過程中割裂了肽和蛋白質的關係，使存在如下問題：一個肽映射不同蛋白質、蛋白質只被一個肽映射等，這極大地增加了蛋白質定性的複雜性。本項目從系統生物學角度出發，在融合蛋白質相互作用網路信息、基因表達信息、序列信息、功能注釋信息、組織特異性信息的基礎上，深入分析蛋白質中相關的生物特徵，擬設計出蛋白質推斷的多權圖模型，用於解決蛋白質組學中科研人員關注的幾個基本問題，如: 共享肽的歸屬問題、蛋白質定性問題等。最終，本項目擬將基於多權圖模型研發一套蛋白質組學數據分析及可視化軟體，為生物學家鑑定蛋白質以及進一步研究提供有價值的參考信息。
結題摘要
在本基金的資助下，本項目重點研究了基於多元生物信息網路的新型蛋白質鑑定模型及共享肽歸屬蛋白質方法、蛋白質定性方法、生物網路模型融合方法、蛋白質關鍵性識別和疾病預測方法，取得的主要研究成果如下:1、引入蛋白質相互作用網路信息，擴展原有二分圖蛋白質鑑定模型，提出了基於蛋白質相互作用網路和蛋白質組學的蛋白質鑑定方法和基於多權圖模型的蛋白質鑑定方法；2、分析了蛋白質的基因表達信息、蛋白質相互作用信息、亞細胞定位信息、蛋白質同源信息等多元生物信息，提取了蛋白質關鍵性特徵，設計了蛋白質關鍵性特徵選擇算法，並提出了基於極限梯度提升模型的蛋白質關鍵性預測方法；3.分析了多種生物網路間的關係，提出了融合生物網路方法的疾病與microRNA關係預測；4 開發了蛋白質鑑定工具PEPPPI。
