《基於生物信息學研究DAF-16靶基因延長線蟲壽命的機制》是依託北京大學，由李彥輝擔任負責人的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名：基於生物信息學研究DAF-16靶基因延長線蟲壽命的機制
- 項目負責人：李彥輝
- 依託單位：北京大學
- 項目類別：青年科學基金項目
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
轉錄因子DAF-16（FoxO1同源基因）是調控線蟲壽命的分子開關，它在激活條件下能結合DNA啟動靶基因表達，使線蟲壽命延長一倍。尋找DAF-16靶基因，研究它們如何協同作用是重要的科學問題。本課題擬（1）收集整理已得到實驗證實的DAF-16靶基因，建立資料庫，方便生物學家的研究工作。（2）多角度分析收集的靶基因特徵，包括基因組、基因表達譜、蛋白質相互作用網路和信號通路等方面，並基於這些特徵預測新的DAF-16靶基因。（3）結合DAF-16在激活和失活條件下的基因表達譜數據和蛋白質相互作用數據，分別構建線蟲長壽和短壽的相互作用網路，通過比較這兩個網路的差別，探索DAF-16靶基因如何相互協同延長線蟲壽命。預期結果可促進以DAF-16為中心的衰老分子機制研究。
結題摘要
(1)我們收集了轉錄因子FOXOs在各個物種中的直接靶基因，建立了資料庫FOXODB(http:lyh.pkmu.cn/foxodb/)，該資料庫為領域的科研人員提供了重要的參考；通過同源分析，我們找到了FOXOs的直接靶基因線上蟲中的同源基因，總計107個；生物信息分析顯示它們參與飲食限制的調控，可同時被GATA轉錄因子所調控，在蛋白質相互作用網路中處於重要的位置。文章發表在Oncotarget雜誌，本人是第一作者和通信作者，本基金是唯一標註的基金。 (2)通過收集文獻中的病毒ncRNA相互作用數據，我們建立了VIRBase資料庫(http://www.rna-society.org/virbase)，該資料庫是目前最為全面的病毒相關的RNA相互作用資料庫，為研究病毒如何侵入細胞，打下了堅實的基礎。文章發表在Nucleic Acids Research，本人是共同第一作者(排序第一)，標註了本基金。 (3)通過分析高血壓相關基因的網路拓撲特徵，功能注釋特徵和表型特徵，我們開發了一個預測高血壓基因的算法，並且預測了177個新的高血壓基因。該工作為尋找新的高血壓基因提供了新思路。文章發表在Hypertension雜誌，本人是第一作者，共同通信作者，標註了本基金（排序第1）。 (4)通過分析假尿嘧啶化修飾位點的周圍序列特徵，我們發現不同的假尿嘧啶化修飾酶修飾不同的位點，在此基礎上，我們開發了一個算法來預測假尿嘧啶化修飾酶識別的特異的位點， 是第一個同類算法。文章發表在Bioinformatics雜誌，網址：http://lyh.pkmu.cn/ppus/,本人是第一作者，共同通信作者，標註了本基金（排序第一）。 (5)通過分析DNA 損傷修復基因的網路拓撲特徵，我們開發了一個預測新的DNA損傷修復的算法，該算法是目前唯一的同類算法，方便了領域研究。該文章目前已經通過了初審，正在Scientific report進行第二輪審稿。本人是第一作者，通信作者，標註了本基金。
