《基於比較基因組學的方法搜尋細菌外源基因池》是依託上海交通大學，由歐竑宇擔任項目負責人的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名：基於比較基因組學的方法搜尋細菌外源基因池
- 項目類別：青年科學基金項目
- 項目負責人：歐竑宇
- 依託單位：上海交通大學
- 批准號：30700013
- 申請代碼：C0104
- 負責人職稱：教授
- 研究期限：2008-01-01 至 2010-12-31
- 支持經費：16（萬元）
項目摘要
比較基因組分析揭示了細菌基因組的多樣性，同個種內不同菌株的染色體除了擁有保守骨架外，還有一些菌株特異的、通過水平轉移獲得的基因組島。島上所攜帶的外源基因有助於維持細菌在特定生態環境中獲得優勢。本項目結合生物信息學和分子實驗技術搜尋細菌新基因組島，快速挖掘外源基因池。通過序列比較分析識別已測序菌株基因組島插入的位點；基於這些位點兩側保守骨架，採用PCR方法搜尋和確定臨床菌株中新基因組島；利用酵母捕捉載體克隆和測序新島，分析島上重要基因的功能。以醫源性感染最重要的條件致病菌之一肺炎克雷伯菌為研究對象，為高通量搜尋和確定腸桿菌科中克雷伯菌屬-腸桿菌屬-沙雷菌屬的外源基因池奠定基礎。外源基因池的建立將有助於更為深入地理解細菌基因組多樣性和基因水平轉移機制，為闡明致病分子機理和抗生素抗性傳播機制積累數據。
