土地承包經營權人權利保護變遷經歷了兩個時期：
1.以承包契約內容為主的債權保護時期(2003年3月1日以前)
1986年6月12日最高人民法院頒發的《關於審理農村承包契約糾紛案件若干問題的意見》(1999年6月5日廢止)。1999年6月5日最高人民法院修改後重新頒發的《關於審理農業承包契約糾紛案件若干問題的規定(試行)》。
2.以土地承包經營權為核心的物權保護為主時期(2003年3月1日以來)
《農村土地承包法》於2003年3月1日開始施行。《關於審理涉及農村土地承包糾紛案件適用法律問題的解釋》，2005年3月29日最高人民法院審判委員會1346次會議通過，於2005年7月29日最高人民法院公告公布，自2005年9月1日起施行。
