圓錐鐘菌最先由丹麥博物學家奧托·弗里德里希·穆勒(Otto Friedrich Müller)於1775年描述,並命名為Phallus conicus,隨後的研究者曾多次更改其分類,1801年Persoon將其分到錘舌菌屬(leotia),1821年塞繆爾·弗里德里克·格雷(Samuel Frederick Gray)將其分至Relhanum屬(現為鐘菌屬的異名),1898年又被奧托·科擇(Otto Kuntze)分至Monka屬,直到1898年才被奧洛夫·施瓦茲(Olof Swartz)分至鐘菌屬。