南通市文物保護單位

南通市文物保護單位是中國江蘇省南通市的市級文物保護單位，目前已公布四批，總數不詳，已升級至江蘇省文物保護單位和全國重點文物保護單位的不再列入（序號以公布時為準）。

第一批：1983年6月29日公布，數量不詳。
第二批：1991年公布，具體時間和數量不詳，其中大生紗廠公事廳2004年添加擴展項目大生紗廠專家樓，並已升級為全國重點文物保護單位（2006年5月歸入南通博物苑擴展項目大生紗廠，2013年3月大生紗廠被拆分為獨立項目）。
第三批：1998年12月28日公布，數量不詳。
第四批：2004年8月21日公布，共22處，另有擴展項目1處和調整名稱3處（葫外樓更名為濠南別業西樓，西寺更名為興化禪寺，望虞樓更名為虞樓），其中4處已升級為全國重點文物保護單位，分別為大生紗廠清花間廠房、唐閘實業國小教學樓、南通紡織專門學校舊址（前後順序以公布時序號為準，2006年5月歸入南通博物苑擴展項目大生紗廠，2013年3月大生紗廠被拆分為獨立項目）和大生三廠總辦事處舊址（2013年3月歸入大生紗廠擴展項目南通大生第三紡織公司舊址）。