南蘇丹民族團結過渡政府成立於2016年4月28日,南蘇丹總統基爾解散了現有內閣,重新任命了包括反對派人士在內的30位部長和8位重要部門副部長,南蘇丹民族團結過渡政府成功組建。該過渡政府將運行30個月,直至重新舉行大選。
根據和平協定規定的權力分配比例,經過此前輪番挑選和談判,基爾政府方面占據了國防和退伍軍人事務部、財政和經濟規劃部、司法和憲法事務部、總統辦公廳等16個部長席位,而馬沙爾領導的反對派則得到了石油部、礦業部、內政部、聯邦事務部等10個部長席位,其他政黨人士將擔任外交和國際合作部、內閣事務部等4個部長職位。
南蘇丹反對派領導人馬沙爾就任第一副總統,並參與過渡政府組建工作。