利根川進1939年出生於日本的名古屋(Nagoya),後就讀於東京的日比谷高中(Hibiya High School)。1963年獲得京都大學(University of Kyoto)化學學士學位,同年前往加州大學聖迭戈分校(University of California, San Diego)攻讀分子生物學研究生。其間他研究了噬菌體的遺傳轉錄,並於1968年獲得博士學位。1971年,他成為瑞士(Switzerland)巴塞爾市免疫學研究所(Institute of Immunology in Basel)的分子生物學家。
1968年以研究嗜菌體轉錄調控而自加州大學聖地牙哥分校(師從Masaki Hayashi)畢業。留在實驗室做了一年博士後之後,1969年進入沙克研究院Renato Dulbecco的實驗室研究SV40的轉錄調控。1970年秋,一方面因為留美的簽證到期,另一方面由於Dulbecco的引介而進入瑞士巴塞爾免疫研究所(當時所長是Niels Kaj Jerne)。