《人腸道微生物組的基因預測與序列拼接方法研究》是朱懷球為項目負責人，北京大學為依託單位的面上項目。
基本介紹
- 中文名：人腸道微生物組的基因預測與序列拼接方法研究
- 項目類別 ：面上項目
- 項目負責人：朱懷球
- 依託單位 ：北京大學
科研成果,項目摘要,
科研成果
序號 | 標題 | 類型 | 作者 |
|---|---|---|---|
1 | Leaderless genes in bacteria: clue to the evolution of translation initiation mechanisms in prokaryotes | 期刊論文 | Zheng, Xiaobin|Hu, Gang-Qing|She, Zhen-Su|Zhu, Huaiqiu| |
2 | Water dynamics clue to key residues in protein folding | 期刊論文 | Gao, Meng|Zhu, Huaiqiu|Yao, Xin-Qiu|She, Zhen-Su| |
3 | Operon Prediction Based On an Iterative Self-learning Algorithm | 期刊論文 | Wu Wen-Qi|Zheng Xiao-Bin|Liu Yong-Chu|Tang Kai|Zhu Huai-Qiu| |
4 | Intermediate Structure and Slow Hydration Water Dynamics in Protein Folding Process | 期刊論文 | Gao Meng|Yao Xin-Qiu|She Zhen-Su|Liu Zhi-Rong|Zhu Huai-Qiu| |
5 | A de novo metagenomic assembly program for shotgun DNA reads | 期刊論文 | Lai, Binbin|Ding, Ruogu|Li, Yang|Duan, Liping|Zhu, Huaiqiu| |
6 | 基於疊代自學習的操縱子結構預測 | 期刊論文 | 吳文琪|鄭曉斌|劉永初|湯凱|朱懷球| |
項目摘要
本項目研究當前宏基因組學的兩個重要的生物信息學問題：序列拼接和基因預測。以正在進行的人腸道微生物組為研究對象，根據宏基因組中隨機片段序列的複雜特徵，針對細菌和古細菌的基因組結構與序列信息，基於我們近年來在原核生物基因組研究成果的優勢，發展一種從短序列片段（包括未拼接的reads和拼接得到的contigs）中預測編碼蛋白基因的高效、準確的新方法；設計一種對短序列reads進行序列拼接的新算法，以期得到更長的contig甚至可能的全基因組序列；在序列片段的有效拼接和基因注釋的基礎上，進一步進行物種組分和優勢種群基因組等探索性分析。最終開發出可套用於國際微生物組測序計畫的序列拼接和基因注釋軟體。
