二方密碼（en:Two-square_cipher）比四方密碼用更少的矩陣。
得出加密矩陣的方法和四方密碼一樣。
例如用「example」和「keyword」作密匙，加密lp。首先找出第一個字母（L）在上方矩陣的位置，再找出第二個字母（p）在下方矩陣的位置：
E X A M P
L B C D F
G H I J K
N O R S T
U V W Y Z
K E Y W O
R D A B C
F G H I J
L M N P S
T U V X Z
在上方矩陣找第一個字母同行，第二個字母同列的字母；在下方矩陣找第一個字母同列，第二個字母同行的字母，那兩個字母就是加密的結果：
E X A M P
L B C D F
G H I J K
N O R S T
U V W Y Z
K E Y W O
R D A B C
F G H I J
L M N P S
T U V X Z
help me的加密結果：
he lp me
HE DL XW
這種加密法的弱點是若兩個字同列，便採用原來的字母，例如he便加密作HE。約有二成的內容都因此而暴露。
