主體稽核是由稽核的主體部門進行的監督檢查。主體部門包括: ①中央銀行稽核組織體系: 總行為稽核司,一級分行為稽核處,二級分行為稽核科,縣級分行為稽核股。②專業銀行、保險公司內部稽核組織體系: 總行為稽核部、省分行為稽核處,中心支行為稽核科,縣支行為稽核股。由上述組織單獨組織的稽核活動,均稱主體稽核。
為開展大範圍、分層次的稽核活動,金融稽核的主體部門與被稽核單位基本上是按層次對應設定的。主體稽核的特點: 當主體稽核部門單獨組織稽核活動時,有權對稽核事項作出和簽發稽核結論,稽核處理決定和監督處理決定的執行。由此可見,主體稽核與獨立稽核的內涵是相同的,只是從不同角度形成的概念。