中央機構編制委員會辦公室二局是中央機構編制委員會辦公室內設機構，參與行政管理體制和國務院機構改革方案研究工作。負責所聯繫部門機構改革方案研究和落實工作，辦理專項改革涉及的機構編制調整事宜。跟蹤了解所聯繫部門“三定”規定落實情況，負責有關“三定”規定的解釋工作。研究提出國務院行政機構設定和編制管理制度、政策和標準的意見，參與機構編制管理法規研究工作。負責所聯繫部門及其垂直管理的派出機構職責、機構編制調整工作，提出相關部門職責分工協調意見。負責口岸查驗單位機構編制管理工作。負責國防動員等機構的機構編制調整事宜。研究提出國務院部門離退休幹部工作機構編制、軍轉編制管理有關政策和標準的意見，負責所聯繫部門離退休幹部工作機構編制、軍轉編制、“兩委”人員編制、援派機動編制調整事宜。
