主角是一個轉生為寶可夢的人類，但他失去了記憶。被神秘的聲音引導後，主角在小小森林醒來遇見了搭檔，組成了救助隊去幫助有困難的寶可夢。主角和搭檔到精靈小丘拜訪
天然鳥時，它告訴主角和搭檔九尾傳說，得知傳說中的貪婪訓練家重生為寶可夢，帶來許多自然災害。
耿鬼竊聽了
主角與天然鳥的對話，斷章取義的在寶可夢廣場傳播主角是傳說中的訓練家，使大家感到非常震驚。經過
九尾的證實，主角不是貪婪訓練家，破除
耿鬼的謠言。然而，一顆帶來災難的隕石即將撞向地球，在
烈空坐的幫助下，終於摧毀隕石。最後，
沙奈朵要把主角送回人類世界了，但是搭檔因此而傷心欲絕。在主角不願離開寶可夢世界的強烈願望下，主角重新出現在了救助隊基地門口。
