《一種體外轉座輔助的染色質相互作用研究的新策略》是依託中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院，由趙志虎擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名：一種體外轉座輔助的染色質相互作用研究的新策略
- 項目類別：面上項目
- 項目負責人：趙志虎
- 依託單位：中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院
中文摘要,結題摘要,
中文摘要
染色質是遺傳和表觀遺傳信息的共同載體。染色質的相互作用及其對基因表達三維調節，是表觀遺傳學研究的重要內容。我們擬在成功建立環形染色體構象俘獲技術4C、發現體外轉座可以有效俘獲環形分子的基礎上，通過染色質免疫沉澱、4C和體外轉座等的結合，建立一種有效剔除自身連線產物、適合多種不同測序平台的高通量篩選技術iTAGCs（in vitro Transposition-Aided Genome Conformation Capture）；利用該技術進行基因組高級結構和功能的主要組織者CTCF介導的染色質相互作用的全基因組篩選、驗證及聚類分析；抽提出CTCF依賴的染色質作用譜；通過CTCF的DNA結合譜、染色質相互作用譜的比較以及CTCF RNAi干擾前後特定相互作用基因座位主要表觀遺傳修飾標誌和基因表達的變化，對CTCF介導不同類型染色質相互作用的分子機制、生物學意義進行初步研究。
結題摘要
染色質是遺傳和表觀遺傳信息的共同載體。染色質的相互作用及其對基因表達三維調節，是表觀遺傳學研究的重要內容。我們通過環形染色體構象俘獲、體外轉座以及染色質免疫沉澱等的結合，建立了一種有效剔除自身連線產物、適合多種不同測序平台的高通量篩選技術iTAGCs（in vitro Transposition-Aided Genome Conformation Capture）；利用該技術獲得了基因組高級結構和功能的主要組織者CTCF介導的染色質相互作用譜；通過染色質作用譜的聚類分析，發現CTCF介導形成“一對一”、“一對多”、“多對多”等不同拓撲結構的染色質作用網路；與CTCF的DNA結合譜的比較分析發現“一對多”、“多對多”的作用網路更多地由超組成型、保守的CTCF結合位點參與形成；與組蛋白修飾標誌、DNA羥甲基化等不同類型的表觀遺傳修飾標誌以及轉錄組數據擬合分析發現，CTCF介導的染色質相互作用譜可以聚類分成五種不同類型，分別與Loop結構及其上下游基因的不同表達狀態對應，提示不同類型相互作用發揮不同功能。
