從1960年冬開始，在聶榮臻主持下，國家科委黨組和中國科學院黨組在許多科學家、幹部和一些科研機構中進行調查研究。在此基礎上，1961年6月，國家科委黨組和中國科學院黨組提出《關於自然科學研究機構當前工作的十四條意見（草案）》（簡稱“科學十四條”）。6月20日，聶榮臻還就其中若干重大政策問題向中央專門寫了請示報告。7月6日，中央政治局會議討論批准請示報告和“科學十四條”草案，並為此寫了重要批語，指出：近幾年來不少同志在對待知識、對待知識分子的問題上有一些片面的認識，簡單粗暴的現象也有所滋長，必須引起嚴重的注意。各單位應對反右派鬥爭以後在知識分子中進行的批判加以清理。凡是批判錯了，或者有一部分錯了的，都要甄別事實，分清是非，糾正錯誤，由黨的負責幹部採取適當方式向他們講清楚，帶錯的帽子要摘掉，以利於解除思想疙瘩，發揚民主，增強團結。“科學十四條”於7月19日頒布試行。“科學十四條”的中心問題，一是調整黨同知識分子的關係，二是貫徹落實科學工作中的“百花齊放、百家爭鳴”的方針。條例提出：在自然科學學術問題上，必須鼓勵各種不同學派和不同學術見解自由探討，自由辯論，自由競賽。在哲學社會科學中，必須批判地繼承歷史文化遺產，吸收其中一切有價值的東西。條例規定，科學研究機構的根本任務是出成果，出人才，為社會主義服務；必須保證科研工作的穩定性，保證科研人員至少有六分之五的時間用於業務工作。中央認為，該條例對一切有知識分子工作的部門和單位都適用。“科學十四條”的制定和執行，對逐步形成具有中國特點的社會主義科學事業的一套方針政策和具體制度，起了重要作用。
