α多樣性

α多樣性主要關注局域均勻生境下的物種數目，因此也被稱為生境內的多樣性（within-habitat diversity）

多樣性指數及計算公式如下：(Hill et al., 2003)

(1).克隆文庫覆蓋率（C）：

n為克隆文庫中僅一個序列的OTU數，N為單文庫中的OTU數。

(2).辛普森指數（D）：

1-

N為單個文庫中序列數，n_i為第i種OTU中包含的序列數，n為單文庫中序列數。

(3).香農指數（H）：

P_i為第i種OTU中序列數在單文庫序列總數中的比例，n為單文庫中OUT個數。

(4).均勻度指數（E）：

H為香農指數，S為單文庫中總序列數。

(5).豐富度指數（Schao1）：

S_obs為單文庫中OTU個數，F₁ 和F₂分別為克隆文庫中只包含1個和2個序列的OTU個數。